Atombombentests im Muroroa-Atoll haben Godzilla erschaffen. Als das Ungeheuer in New York auftaucht, bricht Panik aus. Innerhalb weniger Stunden verwüstet Godzilla die Millionen-Metropole. Fieberhaft sucht der Biologe Nick Tatopoulos (Matthew Broderick) mit Hilfe des Militärs nach einer Möglichkeit, das Monster zu töten. Da stellt sich heraus, daß die Riesenechse schwanger war und irgendwo in den U-Bahnschächten Manhattans seine Eier abgelegt hat. Der Fortbestand der Menschheit ist gefährdet...